来自普林斯顿大学的团队根据宿主-病原菌作用关系的多年研究成果，对现有的蛋白质组学技术，包括蛋白组与基因组的关联在解读侵染机制上的开展思路，作了系统性的分享。

宿主-病原体关系

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定量蛋白质组学技术

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  在量化已识别的宿主-病原体相互作用方面，大多数IP-MS的过程实际上都依赖于无标签质谱量化，这是简单、通用的，可以应用于任何生物系统。可以说，这是Label Free研究蛋白质组动态变化的雏型。然而，含标签的质谱策略提供了更准确的PPI量化数据，并可用于比较相同实验中未感染和感染的样本。通过在细胞培养（Silac）中使用氨基酸的稳定同位素标记，或在肽水平，通过加入串联质谱标记（iTraq、TMT）或其他等量标签，即可获得多达十多组的平行比较结果。
 

多组学关联

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   早期的omics方法主要集中于从整个细胞中获取单一的“层”信息。然而，致病性入侵以及其他生物过程会引起宿主分子组织的多层变化。此外，这些分子层（例如基因序列、mRNA转录、蛋白质、脂质、代谢物）相互联系、相互影响和互补。通过将蛋白质组学与其他组学分析相结合，不同组学方法可以同时引入到单一致病性感染的研究中。这有助于确定病原体的编码能力，识别关键的毒力因子，并在系统层面上定义宿主对致病性感染的反应。

  将蛋白质组学、转录组学和基因组数据整合，可以确定新肽并完善现有基因模型。由转录组数据（如RNA序列和核糖体谱）提供信息的蛋白质组实验对病原体的研究特别有意义。这是因为某些病原体编码通过非标准翻译事件、重叠和短开放阅读框（ORF）以及复杂的选择性剪接和转录起始/结束位点将产生复杂的蛋白质亚型。