DNA甲基化(DNA methylation)是最早发现的修饰途径之一,大量研究表明,DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而控制基因表达。
       一般认为DNA甲基化通过两种途径抑制基因表达:

1. 直接阻碍转录因子与甲基化,抑制基因的表达
2. 通过招募甲基结合蛋白(Methyl-CpG-binding proteins, MBP)及一些阻碍复合物,阻止转录因子与特定DNA序列结合,间接抑制基因的表达

       DNA甲基化转移酶(DNA methyltransferase, Dnmt)与组蛋白去乙酰化酶(Histone deacetylase, HDAC)行程抑制复合物的途径,令DNA甲基化调控和蛋白质修饰(磷酸化、泛素化和乙酰化等)调控间的关联成为当下研究的又一重点。