虽然癌症的主要研究集中在基因水平，但是蛋白质作为执行生物学功能的生物大分子，蛋白质组学技术能够对细胞系统进行非常深入,定量的分析，可以在蛋白水平上窥探疾病的发生机制。现有研究中，科学家通过大规模蛋白质组学已将蛋白质水平变化与基因水平变化相关联，突出了如何将乙酰化和磷酸化特征与同源重组缺陷和生存率降低相关联。
2018年9月20日，来自马克斯普朗克生物化学研究所的科学家运用定量蛋白组学、磷酸化蛋白组学技术，针对卡铂耐药和卡铂敏感患者进行分析，探究高级别浆液性卵巢癌患者的长期生存驱动力。相关研究成果发表在国际专业学术期刊Cell上，由第一作者Fabian Coscia完成。
这项研究为了发现晚期卵巢癌患者长期预后良好的驱动因素，采用蛋白质组学技术从石蜡包埋肿瘤组织（FFPE）中定量分析铂类耐药和敏感的HGSOC患者的差异蛋白质（Proteome quantification）。发现癌症/睾丸抗原45（CT45）是与晚期HGSOC无病生存期成倍延长相关的独立预后因素。
磷酸化蛋白组（Phosphoproteomics）发现CT45与DNA损伤信号通路密切相关；相互作用蛋白质组学（Interaction proteomics）揭示CT45与PP4磷酸酶复合物直接相互作用而与DNA损伤调控相关联。
通过免疫肽组学技术（Immunopeptidomics）发现来源于CT45的肽段可激活患者的细胞毒性T细胞而促进肿瘤细胞的免疫杀伤。
这项研究阐述了临床肿瘤蛋白质组学鉴定化学和免疫疗法靶点的能力，并阐明了它们的生物学作用。
在多组学技术日新月异的今天，蛋白组学技术的发展和综合应用，或许可以为各种疾病的诊断与治疗发现更多的靶标，临床和基础的深度合作将会促进后基因组时代的研究深度和临床转化。
参考文献：
Coscia, et al. (2018), Multi-level Proteomics Identifies CT45 as a Chemosensitivity Mediator and Immunotherapy Target in Ovarian Cancer. Cell. 175, 159–170.
