动植物是生态系统的重要组成部分，保护和发展动植物资源对改善自然环境、维持生态平衡、促进人与自然的和谐、保护生物多样性和经济社会全面协调可持续发展具有重要的意义。动植物数据库在有效的储存和管理包括种类、分布、数量、习性、遗传信息、疾病信息等动植物信息中有重大作用，这些数据可为科研提供数据支持，为保护生物多样性及动物疾病防控提供科学依据。动植物数据库中的绝大多数的动植物具有很高的药用价值和保护价值，在植物研究中，蛋白质组学不仅在植物遗传学、植物生理学、植物发育生物学等多个领域发挥着重要作用，而且在作物遗传育种、作物逆境胁迫应答、作物品质改良以及农作物-微生物相互作用等领域的研究中也得到了广泛应用。在动物科学领域，蛋白质组学不仅为动物蛋白质种类鉴定、功能互作提供了可靠的理论依据，且在动物营养与健康养殖研究领域内发挥着重要作用。综上，蛋白质组学在动植物数据库中的应用，不仅推动了植物遗传育种和动物营养研究领域的发展，也为农业生产提供了新的活力，促进了农业生物科学领域的进步。

                                                         

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         该研究对在进化上具有一定代表性的拟南芥、西兰花、大豆、大麻、番茄、藜麦、玉米、水稻、小麦、椰子、蕨类、卷柏和绿藻共13种植物做蛋白质组学研究，共鉴定到超2百万个蛋白，该研究除获得植物中一些已知的互作蛋白，也对可能出现的互作做了预测，还确定了在11亿年进化过程中所保存下来的未知蛋白互作，并构建了大规模的蛋白互作网络及数据库（http://plants.proteincomplexes.org）供大家使用。

                                                         

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         干旱是主要影响植物植物生长的非生物胁迫，目前植物进化了多种响应机制与基因的重编码来应对干旱环境，因此获取这过程中的转录和翻译信息对于理解干旱胁迫下的分子机制很重要。然而目前干旱胁迫下毛果杨(Populus trichocarpa)的表观转录组与蛋白质组间的关系尚不清楚。在该项研究中，作者利用利用蛋白质组学和纳米RNA测序技术研究毛杨果树干 早胁迫下茎分化木质部(SDX)的蛋白质调控和表观转录组，发现干早胁迫下毛果杨SDX中的N6-甲基腺苷(m6A)、多聚腺苷酸化、poly(A) tail length (PAL)存在多种联系。

样本设置：

         （1）无干旱处理（ND）毛果杨苗
         （2）干旱处理5天(D5)和7天(D7)后的毛果杨苗

方法：

         TMT蛋白组学
         Nanopore DRS
         RT-qPCR

                                                         

         鹅是我国常见的禽类肉来源，据统计，我国每年的鹅产量达252万吨，约占全球鹅总产量的95.2%。现今消费者对更优质、更健康的肉类产品需求越来越高，然而肉质性状是复杂的，受到许多内外因素的影响。鹅肉的品质与其适销年龄密切相关，肉质随适销年龄的增加而变化，但在鹅中年龄对鹅肉质量的影响的机制尚未清楚。在该项研究中，作者通过对两个适销日龄鹅的胸部肌肉及腿部肌肉进行磷酸化蛋白质组学研究，发现鹅肌肉随着年龄的增长而发生的变化与生物途径的磷酸化水平有关，并受到肌原纤维蛋白、糖酵解酶、线粒体蛋白和其他磷蛋白相互作用的调节
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样本设置：

         （1）饲养70日龄扬州鹅的胸部肌肉和腿部肌肉
         （2）120日龄扬州鹅的胸部肌肉和腿部肌肉

方法：

         磷酸化蛋白质组学

研究路线：